השופט מגן אלטוביה כיהן במשך כ־24 שנים כשופט בבית המשפט המחוזי בתל אביב-יפו, מתוכן תשע שנים במחלקה הכלכלית של בית המשפט.
במהלך שנותיו על כס השיפוט דן בסכסוכים אזרחיים, מסחריים וכלכליים מורכבים, ובהם מחלוקות בתחומי המיסוי, דיני חוזים, תאגידים וממשל תאגידי, ניירות ערך, קניין רוחני, תובענות ייצוגיות ותובענות נגזרות. בנוסף, שימש כשופט מיסים וריכז את הטיפול בתיקי המס על תחומיהם השונים.
לניסיונו השיפוטי מצטרף רקע מקצועי מגוון במגזר הפרטי והציבורי. טרם מינויו לשיפוט פעל כעורך דין עצמאי, שימש כמנהל מחלקה ברשות המיסים וכיועץ לציר הכלכלי בשגרירות ישראל בוושינגטון.
השילוב בין ניסיון שיפוטי רב־שנים לבין היכרות מעשית עם העולם העסקי, המערכת הציבורית ועולמות המס והרגולציה מעניק לו נקודת מבט רחבה על סכסוכים מורכבים ויכולת לבחון אותם גם בהיבטים הכלכליים, התאגידיים והפיסקליים הנלווים לסוגיה המשפטית.
במסגרת המרכז להכשרה ולהשתלמות שופטים ריכז השתלמות מקיפה בדיני מיסים, וכן יזם וריכז, יחד עם פרופ' אייל זמיר, השתלמות בתחום המשפט והכלכלה ההתנהגותית (Behavioral Law and Economics)
בשנת 2025 השתתף כעמית בכיר אורח בתוכנית לממשל תאגידי בבית הספר למשפטים של אוניברסיטת הרווארד ((Harvard Law School
בעבודתו כבורר וכמגשר שם השופט אלטוביה דגש על זיהוי מדויק של ליבת המחלוקת, הבנת האינטרסים והצרכים של הצדדים וניהול ממוקד ויעיל של ההליך. ניסיונו המשפטי, העסקי והפיסקלי מאפשר לו לבחון מתווים שונים לפתרון הסכסוך מתוך ראייה רחבה ומעשית, תוך התייחסות להשלכות הכלכליות, התאגידיות והמיסויות ולכדאיות העסקית של הפתרון לאורך זמן.
ניסיונו מתאים במיוחד לסכסוכים מסחריים וכלכליים מורכבים, למחלוקות בין בעלי מניות ושותפים, לסכסוכים בתחום התאגידי וניירות הערך, לסוגיות מיסוי ולתיקים שבהם נדרשת הבנה משולבת של משפט, עסקים וכלכלה.